|
|
 |
|
|
|
|
|
|
| Detalji |
| Projekt: |
Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama |
| Voditelj: |
Sanja Tomić |
| Ustanova: |
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb |
| Sažetak: |
Biomakromolekule, proteini i nukleinske kiseline osnovne su gradivne i funkcionalne jedinice bionano-sustava. Poznavanje njihovog ponašanja i međudjelovanja u biološkim sistemima ključno je za razumijevanje života; naime većina staničnih procesa temelji se na interakciji molekula. Tako su prepoznavanje proteina i komunikacija među njima osnova svih staničnih procesa, kao što su npr. prijenos signala, degradacija proteina, prepoznavanje DNA, imunološki odgovor. Male molekule svojim djelovanjem na makromolekule reguliraju njihovu funkciju, a time i stanične procese. Posebno zanimljive su male molekule sa specifičnim djelovanjem (supstrati i inhibitori) jer za razliku od velikih molekula, lakše mogu doći do mete u stanici, npr. proteina, i potaknuti željeni biološki odgovor.
Cilj projekta je pridonijeti razumijevanju bioloških procesa na molekularnom i sub-molekularnom nivou korištenjem postojećih računalnih metoda molekularnog modeliranja, te razvojem novih. Podaci o strukturi i dinamici biomakromolekula i njihovim kompleksima bitni su za potpuno razumijevanje njihovog ponašanja, te u dizajniranju novih ljekova i proteinskom inženjeringu. Tematski, projekt se može podijeliti u tri osnovne cjeline: a) proučavanje, predviđanje i modeliranje protein-protein interakcija, b) gradnju, simulacije i analizu kompleksa makromolekula s malim molekulama, c) modeliranje enzimskih interakcija.
Sistemi kojima ćemo se pretežno baviti su kompleksi s Ras proteinima, receptori i transporteri auksina, hidrolaze i tansferaze, te kompleksi nukleinskih kiselina s malim molekulama. Pored toga ćemo razvijati nove algoritme, npr. za identificiranje potencijalnih veznih mjesta na temelju primarne i tercijarne strukture proteina.
Rezultate računa i simulacija provjeravat ćemo u suradnji sa znanstvenicima koji navedene biološke sisteme proučavaju eksperimentalnim metodama. Spektroskopski i difrakcijski rezultati nadopunjeni s računalnim modelima i proračunima pružaju točniju i precizniju sliku sustava. Nadalje korelacijom rezultata bioloških testova sa strukturno ovisnim veličinama gradit ćemo modele za predviđanje novih, biološki prihvatljivijih supstanci. U konačnici naša će istarživanja pridonijeti boljem razumijevanju bioloških sustava i moći će se koristiti u medicinske i biotehnološke svrhe. |
|
|
|
|
|
|
|
