|
|
 |
|
|
|
|
|
|
| Detalji |
| Projekt: |
Računalno proučavanje strukture i funkcije proteina |
| Voditelj: |
David Smith |
| Ustanova: |
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb |
| Sažetak: |
U postgenomičkom razdoblju, žarište zanimanja znanstvene zajednice koja se bavi proučavanjem znanosti o životu širi se dalje od određivanja slijeda parova baza koje tvore DNK. S porastom količine temeljnih saznanja i nastavkom koncipiranja i usavršavanja istraživačkih metoda, postaje moguće upustiti se u traganje za razumijevanjem dvaju važnih odnosa. Prvi uključuje ovisnost trodimenzionalne strukture danog polipeptidnog lanca o slijedu unutar lanca DNK koja ga kodira. Drugi podrazumijeva razumijevanje biološke funkcije polipeptida kad je poznata njegova struktura. Istraživanja ovih odnosa dosad su prvenstveno obavljana empirijski, korištenjem dostupnih eksperimentalnih podataka. Međutim, sadašnji revolucionarni razvoj informatičke tehnologije donosi mogućnost dopunjavanja i usmjerivanja eksperimentalnih istraživanja uporabom računalnih metoda. Računalno istraživanje predloženo u ovom projektu podijeljeno je u dva dijela, od kojih svaki pojedini razmatra po jedan od navedenih odnosa. U dijelu koji se bavi ovisnošću strukture polipeptida o slijedu baza unutar DNK lanca, provodit će se klasične simulacije na malim polipeptidima u svrhu istraživanja aspekata smatanja i razmatanja proteina, kao i ravnotežne raspodjele struktura u fizikalno relevantnim uvjetima. Za ispitivanje odnosa između strukture i funkcije, klasične simulacije kombinirat će se s kvantno-kemijskim proračunima s namjerom da se rasvijetle važna svojstva poput katalize i inaktivacije enzima. U zadnjem dijelu, bit će određene i struktura i funkcija molekula izvedenih od aminokiselinskih gradivnih jedinica, u kontekstu njihovog potencijalnog katalitičkog djelovanja u asimetričnoj organskoj sintezi. Izneseni prijedlog istraživanja predstavlja nov i važan smjer istraživanja u Hrvatskoj. Uz potporu Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa, namjera je proširivati predloženi program i započeti posao stvaranja međunarodno kompetitivne istraživačke skupine u polju računalne biokemije. |
|
|
|
|
|
|
|
