|
|
 |
|
|
|
|
|
|
| Detalji |
| Projekt: |
Palindromi u genomima i mehanizmi zamjene gena u kvasca |
| Voditelj: |
Zoran Zgaga |
| Ustanova: |
Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb |
| Sažetak: |
Mogućnosti kontrolirane i stabilne ekspresije željenog gena ili transgena u stanici često ovise o postojanju odgovarajućih tehnologija za uvođenje ciljanih genetičkih promjena u genomu. Razvoj takvih postupaka zasniva se na našem poznavanju mehanizama pomoću kojih nastaju genetičke promjene u živoj stanici, ali i strukture i organizacije genetičkog materijala. Predloženi projekt obuhvaća oba navedena područja jer je usmjeren na molekularnu analizu samog rekombinacijskog procesa zamjene gena u kvasca Saccharomyces cerevisiae s jedne strane (A) ali i analizu distribucije, biološke uloge i evolucije palindroma - posebnog tipa ponovljenih sekvencija u DNA, kako u kvaščevom, tako i u drugim genomima (B). U dijelu projekta (A) koristiti ćemo sve raspoložive tehnike molekularne i klasične genetike kvasca kako bismo izgradili eksperimentalni sustav u kojem će se karakterizirati spektar rekombinacijskih događaja (zamjena homolognom rekombinacijom, „adicija“ u homologiju – HAIR, replikacija inducirana lomom – BIR, ilegitimna integracija…) kao i genetička kontrola procesa zamjene gena. Specifični cilj ovih istraživanja je identifikacija mutanata kod kojih je povećana učestalost zamjene gena (ili smanjena učestalost ilegitimne integracije) kako bi se inaktivacijom njihovih homologa pokušale pospješiti ciljane genetičke manipulacije i u drugih organizama. (B) Palindromi u molekuli DNA sastoje se od dva neposredno povezana, ali obrnuta, ponavljanja jednakih sljedova nukleotida i predstavljaju specifične, biološki značajne motive u DNA, ali su istovremeno i izvor genetičke nestabilnosti. U prvom dijelu ovih istraživanja završiti će se serija eksperimenata u kojima se ispituje utjecaj duljine i sastava palindroma na indukciju rekombinacije između ponovljenih sekvencija („pop-out“ - rekombinacija) kao i ispitivanje uloge pojedinih genskih produkata u tom procesu. Nakon analize genoma kvasca nastaviti će se bioinformatička analiza i razvoj bioinformatičke podrške (programa) za analizu drugih genoma i drugih tipova obrnutih ponavljnja, a otvoriti će se i nova pitanja kao što su (i) veza između deficita palindromskih sekvencija i izuzetne otpornosti na lomove u DNA koja je zapažena u bakterije Deinococcus radiodurans, (ii) moguća uloga prisutnosti palindromskih sekvencija na ekspresiju gena i (iii) moguća primjena analize palindroma kao molekularnih genetičkih biljega (markera). |
|
|
|
|
|
|
|
