|
|
 |
|
|
|
|
|
|
| Detalji |
| Projekt: |
Razvoj metoda za modeliranje svojstava bioaktivnih molekula i proteina |
| Voditelj: |
Nenad Trinajstić |
| Ustanova: |
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb |
| Sažetak: |
Na temelju dosadašnjih rezultata, iskustava i analize literature pronašli smo brojne mogućnosti poboljšanja postupaka modeliranja odnosa strukture i svojstava molekula i proteina. Radi poboljšanja opisa odnosa strukture i svojstva, za svako pojedino svojstvo i skup molekula razvijat će se novi specifični molekularni deskriptori, poglavito deskriptori temeljeni na posebno definiranim strukturnim matricama. Razvijat će se novi postupci kojima će se optimiranjem doprinosa atoma i kemijskih veza (ovisno o njihovim fizikalno-kemijskim svojstvima) računati inačice postojećih molekularnih deskriptora. U opisu strukturnih posebnosti proteinskih sekvenci razvijat će se novi načini opisa rasporeda i međusobnih udaljenosti aminokiselinskih ostataka, uzimajući u obzir njihova fizikalno-kemijska svojstva. Računat će se i koristiti u modeliranju svojstava proteina usrednjenja i autokorelacijske funkcije važnih svojstava aminokiselinskih ostataka. Točnost postojećih modela povećat će se i uključivanjem nelinearnosti i sličnosti molekula i proteinskih sekvenci. Razvit će se programi za provjeravanje značajnosti korelacije između deskriptora i svojstva, postupci prethodne obrade deskriptora, i definirati pokazatelji i postupci za provjeru pouzdanosti i točnosti predviđanja modela. Polazeći od metode za pronalaženje pojedinačnih modela, koja se u dosadašnjim primjenama pokazala npr. boljom od metoda neuronskih mreža, razvit će se metoda za izbor skupa (ansambla) regresijskih modela. Metoda će se temeljiti na usrednjenju predviđanja svojstva dobivenih s više najboljih pojedinačnih modela. Razvijene metode bit će primijenjene za što točnije modeliranje (koristit će se veliki skupovi molekula) i predviđanje farmakološki važnih svojstava molekula (topljivost, particijski koeficijent, toksičnost, transportna svojstva i biološke aktivnosti). Razvijene metode bit će primijenjene u strukturnoj bioinformatici – u modeliranju odnosa između primarne i sekundarne strukture proteina, udjela sekundarne strukture i strukturalne klase u koju spada pojedini protein, razlikovanja membranskih topljivih i vlaknastih proteina, odnos strukture i aktivnosti antimikrobnih peptida te konstanti savijanja i razmotavanja proteina. Modelirat će se i topologija i položaj transmembranskih dijelova membranskih proteina. Pri tome će se koristiti velike baze proteinskih sekvenci poznate strukture. Modelirat ćemo dijelove postupka diobe stanice, osobito rast mikrotubula iz pojedinačnih molekula tubulina. |
|
|
|
|
|
|
|
